O pai de Stanislaw era o príncipe Jan Kostka, chefe militar e Senador no Reino de Sigismundo Augusto (1548-1572), onde a capital era Cracóvia. A família dos Kostka compreendia numerosos governadores, senadores e bispos.

Nos primeiros anos, sua formação foi ao cuidado de professores particulares, como era costume nas famílias nobres, mas com 14 anos de idade, no mês de julho de 1564, foi enviado para Viena, com o irmão Paulo e o preceptor João Bilinski¸no colégio dos jesuítas, para continuar os estudos. Durante a viagem passaram pelo famoso santuário da Virgem de Czestochowa, e atravessando a Slesia chegaram em Viena aos 25 de julho. Aqui moraram no Internato imperial S. Bárbara, um dos três pertencentes aos jesuítas.

A Companhia de Jesus estava no começo: S. Inácio de Loyola, seu fundador, faleceu em 1556. Mas os jesuítas já eram conhecidos como profundos teólogos que participaram do Concílio de Trento e em todo lugar já tinham iniciado sua fecunda obra de renovação cultural com seus "Colégios", institutos escolásticos, cuja fama levou as melhores famílias do tempo a internar seus filhos nestes mesmos institutos. Este apostolado cultural, que compreendia uma reforma dos estudos, visava em longo prazo uma melhoria do nível da vida humana e espiritual de toda a sociedade.

Neste período Stanislaw expressou seu ideal de vida com a famosa frase: " Ad maiora natus sum", isto é, "Nasci para as coisas maiores". Há tempo, Stanislaw tinha uma vida espiritual muito intensa, e uma vez confiou a Estevão Augusti, seu companheiro em Roma, que o primeiro fato que lembrava de sua infância, foi um dia de "intenso amor", dia em que se doou completamente e para sempre a Deus.

Uma analise grafológica feita nos autógrafos juvenis de Stanislaw o descreve como "sensível, carinhoso, inteligente além da média, tendencialmente ambicioso, dotado de forte senso crítico, fortemente cativado pelo outro sexo, decidido, propenso à independência, expansivo, mas propenso a dominar sobre os outros".

Já nos primeiros meses da estadia vienense Stanislaw conheceu e pediu de ser admitido à "Congregação Mariana", que naquele lugar era titulada a S. Bárbara. Ele se comprometeu no caminho espiritual que lhe foi proposto: viver intensamente o espírito do Evangelho, ser testemunha no seu próprio ambiente de vida e trabalho, cultivar especialmente a devoção para a Virgem Maria. Tudo isso combinava perfeitamente com as expectativas espirituais de Stanislaw, e de fato, pertencer a Congregação Mariana foi-lhe de muita ajuda.

S.Stanislaw Kostka s.j. [Bagheria, Sicilia]

Dava muito tempo à oração, participava intensamente da missa e das vésperas que se celebravam em seu colégio. Seus companheiros testemunhavam de tê-lo surpreendido mais do que uma vez com em êxtase, arrebatado dos sentidos, transfigurado. Mesmo que ele evitava que isso acontecesse onde outros pudessem vê-lo. Também João Bilinski, que vivia com os irmãos Kostka em Viena, testemunhou que às vezes Stanislaw era encontrado na igreja Am Hof "quase exânime e levantado do chão".

As coisas pioraram quando, falecido o imperador Fernando I, seu sucessor Maximiliano II pretendeu dos jesuítas a restituição do imóvel onde se hospedava o Internado S. Bárbara. Assim os irmãos Kostka precisaram procurar um apartamento alugado, e isto jogou Stanislaw no arbítrio do temperamento instável e prepotente do irmão Paulo.

Este, por sua vez era bem contente com a mudança que lhe permitiu uma vida cada vez mais mundana, freqüentando bailes e teatros, cortejando damas, caçando. Paulo iniciou a vexar o irmão menor Stanislaw porque este continuava o teor de vida espiritual como no Colégio.

S.Stanislaw Kostka – gravura de G.F. Greuter, séc. XVII [Neues Museum, Berlino]

O primeiro é o célebre episódio da Comunhão que Stanislaw recebeu prodigiosamente das mãos de S. Bárbara. Stanislaw implorou que viesse um sacerdote para receber a Comunhão, mas isso lhe foi negado, também pela oposição do dono do apartamento que era luterano.

Uma noite o preceptor Bilinski o estava vigiando e eis que Stanislaw pegou no braço dele e exclamou: "Se ajoelhe, João!" E logo o doente saiu da cama e se ajoelhou no tapete. "Se ajoelhe – continuou Stanislaw – porque veio S. Bárbara com dois anjos que me trazem a comunhão". Logo, Bilinski viu Stanislaw pronunciar três vezes "Senhor, não sou digno" e abrir os lábios como para receber a Comunhão. Então Stanislaw voltou abaixo dos cobertores. João Bilinski testemunhou que Stanislaw não lhe parecia tomado pelo delírio, mas bem pelo contrário se comportava com muito respeito e domínio de si mesmo.

Visãode S. Bárbara com dois anjos [Roma, S.Andrea al Quirinale]

O segundo episódio aconteceu alguns dias depois. A doença de Stanislaw, de fato, piorava até deixar poucas esperanças de melhoria. João Bilinski, cansado por ter passado tantas noites vigiando Stanislaw, pediu ao servente Lourenço de ficar em seu lugar. Mas quando de madrugada entrou, viu Lourenço adormecido e Stanislaw sentado na cama e sorridente, porque dizia estar completamente curado.

De fato Bilinski constatou que ele não tinha mais febre, mas lhe proibiu de levantar, até que ele ia chamar o médico. Após duas visitas, o medico admitiu que aquele rapaz, que ele mesmo dava por desenganado, estava totalmente e verdadeiramente curado, mesmo não tendo alguma explicação plausível.